Mokuton - "w drzewie/drewnie ukrycie" - unikatowa zdolność Pierwszego Hokage, a teraz Yamato, polegająca na zamianie swej chakry w energie życiową. Niestety wraz z jego śmiercią ta umiejętność na długi czas poszła w zapomnienie, gdyż nikt nie odziedziczył po nim tej umiejętności. Mokuton pozwala użytkownikowi na nieograniczoną kontrolę nad ziemią i wodą, dzięki czemu może wytwarzać wszelaką roślinność i potem nią manipulować. Rozmiary i długości wytwarzanych roślin, są ograniczone jedynie do woli i ilości chakry posiadacza. Ponadto techniki Mokuton pozwalają na kształtowanie drewna według woli użytkownika (Yamato, na przykład potrafi wznieść wielką willę lub stworzyć klona z drewna), dzięki temu shinobi może tworzyć naprawdę wymyślne i oryginalne techniki, które jednak są w znacznym stopniu narażone na techniki powiązane z żywiołem ognia.